Ante el crecimiento de la población peruana y la carencia de obreros preparados, pastores y misioneros de Lima decidieron fundar un seminario. En 1972, el Seminario Bautista del Perú inició sus clases en el local de la Primera Iglesia Bautista del Callao, bajo la dirección ejecutiva del misionero C. Burnette Taylor.
En 1975, el Seminario se trasladó a las instalaciones de la Iglesia Bautista Central de Tahuantinsuyo y de la Iglesia Bautista Independencia. Ante la afluencia de jóvenes, señoritas y parejas de casados, el Consejo del Seminario aceptó el traslado a la ciudad de Trujillo, instalándose en los ambientes de la Iglesia Bautista Emanuel.
En 1980, con el notable apoyo de las iglesias bautistas del Perú y de hermanos del extranjero, se adquirió casi una hectárea de terreno en la localidad de Huamán, Trujillo. Allí se construyó el campus que hoy posee el Seminario.
Han pasado 50 años desde que el Seminario abrió sus puertas, albergando a más de 1,000 estudiantes, muchos de los cuales hoy sirven a Dios en todo el país y en el extranjero. Es nuestra oración que Dios siga usando a las iglesias y misioneros comprometidos con la tarea de entrenar obreros.